ناهنجاریهای جنینی متفاوت می باشد و می تواند در ابعاد مختلف مورد بررسی قرار گیرد: الف). ناهنجاریهای جنینی با قابلیت حیات بعد از تولد: این نوع ناهنجاری از نظر شدت و ضعف به دو دسته تقسیم می گردد. نوع اول: بیماریها و اختلالات ژنتیکی متضمن تنها نوعی نقص ظاهر یا باطنی با درد و الم روحی و جسمی قابل تحمل یا بدون آن؛ از قبیل کوتاه یا کج بودن دست یا پا، نابینایی از دو یا یک چشم، نقص کلی یا جزیی در شنوایی یا گفتاری، جنون و سایر اختلالات حواسی نوع دوم: بیماریهایی که نقص و عیب و معلولیت شدید به همراه دارد. مثل بیماری تالاسمی ماژور که در این نوع بیماری جنین بعد از تولد قابلیت حیات دارد. و در هر حال انسان سالم و کاملی نبوده و حتی بعضا دارای حیات نباتی و حیوانی است و درک و شعوری ندارد.[۳] ب). ناهنجاریهای جنینی با عدم قابلیت حیات: بعد از تولد گاهی جنین مبتلا به نوعی ناهنجاری است و ممکن است دوران جنینی را طی کند ولی بعدا همزمان با تولد یا اندکی بعد از آن خواهد مرد. از این قبیل است جنینهای آنانسفال( یعنی سر به طور کامل تشکیل نشده و استخوان جمجمه ندارد و مغز هم خیلی کوچک است این جنین تا موقعی که در رحم مادر است زنده است و حیات دارد ولی بعد از اینکه جنین متولد شود بلافاصله می میرد. تشخیص این نوع جنین به سادگی امکانپذیر می باشد، و در سه هفته ی دوم با سونوگرافی و رادیولوژی تشخیص داده می شود که این جنین سر دارد یا ندارد.[۴] و جنین دو سر: وقتی جنین دارای دو سر است، معمولا ناهنجاریهای دیگر قلبی، کلیوی و امثال آن را دارد و در این مورد بعد از تولد خواهد مرد.[۵] و نوع دیگر آن هرنی دیافراگماتیک( فقدان حجاب حاجز) دیافراگ یا پرده ی حاجز، پرده ای است که در واقع بین شکم و قفسه ی سینه قرار می گیرد و این نوع جنینها مخصوصا اگر ناهنجاریهای دیگری همراهش باشد بعد از زایمان قادر به تنفس نیستند. چون ریه ی آنها در زمانی که داخل شکم قرار می گیرند کوچک است و رشد نمی کند و جنین بلافاصله بعد از تولد بخاطر مشکلات تنفسی فوت می کند.[۶] نوع دیگر آن منگوسل یا میلومننگوسل : مغز و جمجمه باز است، مغز و پرده های مغز تشکیل نشده، استخوان روی مغز را نپوشانده و کاملا باز است و قابلیت حیات بعد از تولد را ندارد.[۷] ج). ناهنجاریهای جنینی منجر به عدم شکل گیری انسان: ممکن است جنین دارای ناهنجاریهای شدیدی باشد که نه از جهت شکلی موجودی انسانی باشد و نه محتوای رحم( چیزی مثل غده، قطعه ای گوشت، موجودی شبیه به حیوانات و غیره) باشد، که قطعا دارای حیات انسانی نخواهد شد.[۸] بعد از تعریف ناهنجاریهای جنینی و انواع آن به بررسی دیدگاه های حقوق ایران و فقه امامیه در رابطه با سقط جنین درمانی به جهت ناهنجاریهای جنینی می پردازیم.
 

ب). حقوق ایران

تا قبل از تصویب ماده واحده سقط درمانی مصوب۱۳۸۴ هیچ ماده قانونی قبل و بعد از انتقلاب اسلامی، که به صراحت سقط جنین ناهنجار را تجویز کنند وجود نداشت. قانون مجازات اسلامی اگر چه طی موادی احکام راجع به سقط جنین مستوجب دیه را بیان کرده؛ اما در خصوص جنین ناهنجار یا ناقص الخلقه سکوت کرده بود. لذا قبل از تصویب ماده واحده می توان گفت با توجه بر اطلاق مواد مربوط، مبنی بر ممنوعیت سقط جنین می توان بر این عقیده بود که از دیدگاه مقنن تفاوتی بین جنین سالم و بیمار وجود نداشت. و صرف عقب ماندگی و نقص جنین مجوز سقط نبود، مگر اینکه حیات مادر را به مخاطره بیافکند که در این صورت اطلاق بخش اخیر ماده۶۲۳ شامل آن می شد. البته همانطور که در مبحث دیدگاه های فقهی ملاحظه می کنیم، به نظر آیت الله خامنه ای سقط درمانی در مورد جنین ناقص الخلقه در صورتی که مصداق عسر و حرج نسبت به والدین باشد تا قبل از ولوج روح پذیرفته شده است.[۹] برخی از مراکز بیمارستانی تا قبل از تصویب ماده واحده بر همین اساس این نوع سقط را تحت عنوان سقط طبی انجام می دادند و اما بعضی مراکز از این اقدام به دلیل عدم تصویب، تا قبل از تصویب ماده واحده خودداری می کردند. در ماده واحده که ملاک عسر و حرج سقط جنین بیمار و ناقص الخلقه تا قبل از چهار ماهگی مجاز شمرده شده است؛ گامی مثبت و بلند برای تامین امنیت و سلامتی مادر و کودک برداشته شده، به طوری که با اجرای دقیق آن از تولد بچه های ناقص الخلقه و عقب مانده و صرف هزینه های گزاف آن جلوگیری می شود. و از طرفی جامعه نیز شاهد تلف شدن مادران در اثر سقط های غیر قانونی و غیر بهداشتی نخواهد بود.[۱۰] نکته  مهم در این ماده ملاک عسر و حرج می باشد که باید با دیدگاه فقها و ادله ی شرعی استنباط حکم سقط جنین هماهنگ و ضابطه مند باشد و مصادیق آن کاملا احصاء شود.

ج). دیدگاه ها در فقه امامیه

هنگامی که وجود جنین ناهنجار در رحم مادر به اثبات رسید آیا می توان آن را سقط نمود یا خیر؟ در برابر این مساله چند دیدگاه وجود دارد در این بحث در صورتی که قطعا یا مطمئنا جنین ناهنجار باشد مثلا فاقد شنوایی یا بینایی باشد و یا دارای دستها و پاهای فلج باشد و یا مبتلا به بیماریهایی نظیر تالاسمی باشد. اکثر فقهای معاصر امامیه وجود این بیماری را اگر چه سخت و طاقت فرسا و هزینه بر باشد مجوز سقط جنین نمی دانند و آن را ابتلاء و امتحان برای جنین و والدین او محسوب می کنند.[۱۱] زیرا آزمایش و ابتلاء مطابق بینش اسلامی یکی از برنامه هایی است که خداوند بر روی بندگانش انجام می دهد.[۱۲] بنابراین همانطوری که مجوزی برای کشتن انسان بیمار و معلول و ناقص الخلقه وجود ندارد، مجوزی نیز برای سقط جنین ناقص الخلقه وجود ندارد ؛ از این رو سقط جنین ناقص الخلقه را حتی قبل از ولوج روح جایز نمی دانند. عده ای دیگر در صورت تحقق علم یا ظن نزدیک به علم به وجود نقص عضو جنین، در صورتی که روح در او دمیده شده باشد بعید نمی دانند که سقط جنین جایز باشد زیرا موجب حرج بر خانواده و جامعه می شود.

۱). قبل از ولوج روح